公路
高速公路
南通市境内的高速公路主要有：沈海高速公路（G15）、沪陕高速公路（G40）、海启高速公路（S28）、宁通高速公路（S79）、通锡高速公路（S19）。 [71]

过江通道
过江通道方面，苏通长江公路大桥于2008年6月30日建成通车。崇启大桥于2011年12月24日建成通车。沪苏通长江公铁大桥于2020年7月1日建成通车。

跨海大桥
跨海大桥方面，黄海大桥于2008年7月16日全线贯通，2008年底建成通车。

客运车站
客运车站方面，南通汽车客运东站于2014年1月8日投入运营。形成以南通汽车客运东站、南通汽车站为始发站，九圩港站为配载站的新布局。

普通公路
截至2016年年末，南通有普通公路1.81万千米，其中普通国道543.56千米、省道455.1千米、县道2397.55千米。

铁路
2002年9月30日，新长铁路南通段基本建成通车，南通结束了“地无寸铁”的历史。
2004年7月1日，新长铁路沿线部分车站开办客运。
2005年7月1日，宁启铁路宁通段开办客运。
2016年5月，宁启铁路完成复线电气化改造，南通站、如皋站、海安站开办动车组业务。
2019年1月5日，宁启铁路二期工程（南通站至启东站）开办客运。
2020年7月1日，南通动车运用所正式投入使用，南通成为江苏省第三个拥有动车运用所的城市。 [77] 同日，沪苏通铁路建成通车，南通结束了无铁路过江通道的历史。
截至2020年7月，南通市境内已建成的铁路有：沪苏通铁路、新长铁路、宁启铁路、海洋铁路；在建的铁路有：盐通高速铁路、通苏嘉甬铁路；规划中的铁路有：北沿江高速铁路、如通苏湖城际铁路。海安站是江苏省除徐州站外的最大的二级编组站。

南通市境内办理客运业务的铁路站点

水路
南通港是中国国家一类对外开放口岸、国家主枢纽港，也是上海国际航运中心组合港的主要成员， 是长江水系江河运输直达中转的枢纽。
截至2016年底，南通市五级以上航道里程172.8千米，四级以上航道164.03千米，三级航道91.44千米。

南通市长江汽渡
海太汽渡
通常汽渡
通沙汽渡
皋张汽渡

航空
主词条：南通兴东国际机场

南通兴东国际机场（Nantong Xingdong International Airport），位于南通市通州区，距离南通市中心直线距离10千米，为4E [80] 级民用国际机场，是江苏最早通航的民用机场，是上海国际航空枢纽辅助机场。

南通兴东国际机场1993年8月24日正式建成通航，定名为南通兴东机场；2016年7月22日更名为南通兴东国际机场；2012年4月完成一期改扩建；2019年完成二期改扩建； [81] 2019年8月18日，启用新航站楼。

《2019年江苏省政府工作报告》指出，推动南通新机场规划建设。

地铁
主词条：南通轨道交通、南通轨道交通1号线、南通轨道交通2号线

南通市轨道交通1号线一期工程线路走向示意图
 
2014年8月，南通市城市快速轨道交通近期建设规划获得国家批准，成为江苏省第6个、中国第37个获批建设轨道交通的城市。 [85] 获批建设1号线一期和2号线一期工程共2条骨干线路，线路总长59.55千米，共设车站41座，总投资397.13亿元。 [85]
2017年12月18日，南通轨道交通1号线一期工程开工，南通成为江苏省第6个、苏中第一个修建地铁的设区市。 [86] 2018年10月26日，南通轨道交通2号线一期工程开工。

公共交通
公交
2010年7月，南通公交管理职能划入交通运输局。截止2014年上半年，南通市区共有公交车1124辆，各类城市公交线路104条，公交线路总长度超过1700千米，净站点（不含重复站点）1800多个，日均客运量超过32万人次。

出租车
2018年4月15日起，南通市主城区、通州区巡游车实施经营区域一体化。两区巡游车均可在市区范围内的机场、火车站、汽车客运站按规定排队候客。 2018年09月17日起，南通市主城区、通州区实现运价统一。运价改革后，市区巡游出租汽车运价由政府定价改为实行政府指导价。

公共自行车
从2013年元旦开始，南通公共自行车服务系统正式启动运营。截至2014年7月1日，已建成299个公共自行车站点。 用户每次租借自行车两小时内免费。超过两小时的，超时后按1元/小时收取（不足1小时按1小时计收）。还车后再次租用重新开始计时，当天多次租车时间不累计。
从2016年11月1日开始，崇川区、港闸区、通州区、开发区公共自行车系统不能实行一卡通用的问题成为历史。

南通市区城市快速路
南通从快速路网、骨干路网、支路网三个层面，大力推进城市路网建设。 [95] 2009年5月，南通市启动快速路网改造工程，首条快速路通沪大道高架开建。 2014年5月30日，通京大桥（3号桥）、通吕5号桥立交开放交通，市区快速路网“北环”（江海大道）与“中轴”（通京大道）、“东环”（东快速路）实现贯通，标志着市区首轮快速路网升级改造基本完工。
截至2017年底，南通市区“一轴一环八射”的快速路网交通格局基本形成，10分钟上快速路、20分钟上高速路、30分钟城市组团通勤的交通畅通工程目标基本实现。市区人均城市道路面积30.82平方米，比2012年末增加8.18平方米。